Small RNA主要包罗miRNA、piRNA、tsRNA（tRF&tiRNA）、snRNA和snoRNA等，其中miRNA研究最为普遍，是一类不具有卵白编码能力的RNA分子，能调控基因表达，在细胞生长、发育和代谢等基础生物学历程中都饰演着主要的角色，甚至在癌症等相关疾病形成历程中也起着关jian的作用。
MRCAT猫先生体育组学服务优势
1. 高度无邪性：可研究任一 17-35 nt 之间的小 RNA 分子
2. 高度准确性：可准确到单核苷酸水平，有利于区分高度同源的小 RNA 分子和判断小 RNA 的多态性
3. 检测动力学规模广：可在凌驾 6 个数目级规模内实现准确的序列检测和定量剖析，有利于低品貌小 RNA 差异表达的研究
4. 数据质量高：深度测序保证了抽样随机性、可靠性和重复性，与实时定量 PCR 效果具有较高的一致性
样本起shi量与送样建议
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样本类型 |
起shi量 |
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动物及临床脏器组织/脑组织等 |
>20mg |
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动物及临床皮肤/骨/血管/脂肪组织等 |
>100mg |
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植物叶片组织/花 |
>200mg |
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植物根/茎/果实/种子 |
>500mg |
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原代细胞/细胞系 |
>5×106个 |
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中性粒细胞/嗜酸性粒细胞/嗜碱性粒细胞 |
>5×107个 |
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外泌体样本 |
>1×108个 |
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血清/血浆/脑脊液/枢纽积液/卵泡液 |
>2mL |
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细胞作育上清液 |
>20mL |
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尿液 |
>30mL |
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总RNA |
>1μg且RIN>7.0 |
注重事项：
① 组织样本建议生涯在RNAlater、RNAHold、RNAProtect等相关组织生涯液中，然后-80℃生涯或干冰寄送；
② 细胞样本使用TRIzol等裂解液充实裂解之后，-80℃生涯或干冰寄送
③ 越发详细的样本准备指南，请联系在线客服
应用chang景
应用chang景1：外泌体
适用规模：临床与转化医学、基础医学、动物/兽医研究等恣意研究偏向
MicroRNA（miRNA）是一类非编码RNA，能够调治一系列普遍的生物历程。除了在细胞内施展作用外，最近研究还显示miRNA在细胞外泌体中渗透，从而允许其转移至近端或远端的细胞进而调治基因表达。外泌体代表着有希望可以从中疏散miRNA的纳米质料，有施展治疗作用的潜力。
应用chang景2：大样本研究
适用规模：临床与转化医学，疾病标志物挖掘与判断
miRNA是一种稳固性强重复性好易于检测的非编码RNA，在体液样本及组织样本中品貌高，在临床上具备成为特异性强迅速度的生物标志物（biomarker）的潜能。例如外泌体或体液样本中，凌驾70%的RNA为miRNA，配合回归和种种机械学习建模，可挖掘高迅速度的潜在生物标志物。
应用chang景3：抑制翻译/激活翻译
适用规模：临床与转化医学、基础医学与分子生物学、动植物研究等恣意研究偏向
miRNA可通过抑制核糖体的组装来阻断翻译起shi，进而起到对翻译历程的抑制作用。miRNA的抑制作用需要靶mRNA具有m7G帽子结组成为支持这一理论的主要依据，由此可以推断 miRISC可能通过对翻译起shi复合物形成抑制而施展作用；Ago2中心结构域具有团结m7G帽子的活性，Ago2通过 对miRNA招募靶mRNA的 3' UTR，从而与起shi复合物eIF4E/G竞争性团结m7G帽子，最终施展对翻译起shi复合物的抑制作用。现实上miRNA具有双重功效，当位于胞浆时可抑制基因表达，当位于细胞核内可激活基因的转录。核内miRNA可通过团结zeng强子，改变zeng强子的染色质状态，从而激活基因的转录表达。
应用chang景4：与单细胞测序团结剖析
适用规模：临床与转化医学、基础医学与分子生物学、动植物研究等恣意研究偏向
miRNA与单细胞团结剖析，主要通过两种要领。第一种是通过对miRNA的靶基因所对应的基因集在单细胞测序中用AddModuleScore打分模块实现。第二种就是引入了RIP和CLIP数据库来举行后期校正。即间接打分和直接打分两种要领。
通过miRNA与单细胞团结，能够锁定通路富集较高的细胞亚群，并和miRNA建设起直接调控和间接调控两种方式。
应用chang景5：ceRNA调控机制
适用规模：临床与转化医学、基础医学与分子生物学、动植物研究等恣意研究偏向
ceRNA全称competing endogenous RNA，是一种能够竞争团结RNA的作用元件。通常lncRNA和circRNA会竞争团结miRNA，MRCAT猫先生体育一ban把lncRNA和circRNA可以称作ceRNA。ceRNA调控网络全称ceRNAregulation network，指的是有ceRNA加入的整个调控网络cascade。而ceRNA剖析指的是对整个ceRNA调控网络举行剖析。一ban有circRNA-miRNA-mRNA剖析或lncRNA-miRNA-mRNA剖析。
应用chang景6：植物miRNA与降解组团结
适用规模：植物抗病抗旱等抗逆研究、植物遗传育种、植物发育学等恣意研究偏向
通过降解组测序和miRNA测序的团结应用，研究者不仅可以系统判断多莳植物中miRNA调控的靶基因，还可以探讨多种miRNA及其靶基因对植物差异处置赏罚的差异衴uan泶，证实某些miRNA的靶基因在植物生长发育历程中的主要作用。
项目文章
【1】Su T, et al. Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells-Derived Exosomal MiR-29b-3p Regulates Aging-Associated Insulin Resistance. ACS Nano. 2019 Feb 26;13(2):2450-2462. PMID: 30715852.
【2】Ma L, et al. Nanotopography Sequentially Mediates Human Mesenchymal Stem Cell-Derived Small Extracellular Vesicles for Enhancing Osteogenesis. ACS Nano. 2022 Jan 25;16(1):415-430. PMID: 34935354.
效果展示
1.差异miRNA上下调统计剖析
差异基因上下调频数统计用于判断差异实验条件下差异表达miRNA的个数。其中横坐标体现较量组信息，纵坐标体现上下调miRNA的数目，红色代表上调miRNA，蓝色代表下调miRNA，其中数字代表上下调miRNA的数目。
2.差异miRNA聚类剖析
差异miRNA聚类剖析用于判断miRNA在差异实验条件下调控的聚类模式。凭证样品miRNA表达谱的相近水平，将miRNA举行聚类剖析，直观地展示miRNA在差异样品（或是差异处置赏罚）中的表达qing况，由此获取生物学相关信息。差异的颜色体现差异的miRNA表达水平，颜色由蓝色经由白色至红色体现表达量从低到高。红色体现高表达基因，深蓝色体现低表达基因。
3.差异miRNA韦恩图
通过差异较量组之间差异基因韦恩图可以直观地显示出差异较量组之间配合的和特有的差异表达miRNA的个数，差异基因韦恩图具有显着的生物学意义，好比是相同对照差异处置赏罚的实验设计qing况，可以将差异处置赏罚下的差异基因举行较量。
4.GO富集性柱状图
miRNA靶基因的GO富集柱状图：用于反映在生物历程(biological process)、细胞组分(cellular component)和分子功效(molecular function)富集的GO term上差异基因的个数漫衍qing况。
5.GO富集性散点图
对差异miRNA举行GO富集剖析并以散点图展示，Rich factor体现位于gaiGO的差异基因个数/位于gaiGO的总基因数，P值越。珿O富集水平越高。
常见问题
1.miRNA命名规则是怎样的？
关于miRNA命名，是凭证miRBase的命名规则：物种拉丁名3字母缩写-miR/MIR-编号（植物），miR体现的是microRNA成熟体，植物的前体使用MIR。参见miRBase官网:现在已经不再使用*来标志microRNA与其发夹前体互补配对位置的互补序列，而是使用“-3p”与“-5p”作为区分这两条序列的后缀替换旧的的命名法。详细参考17.0版本出来时，miRbase数据库的blog文章：http://www.mirbase.org/blog/2011/04/mirbase-17-released/
2.怎样筛选差异基因？
可以在筛选的时间可能需要参考gai参数，一ban若是专注于发现，那么所有保留，若是专注于差异表达，可以仅保留high和middle拷贝的。log2(Treat/Control)>0体现上调，<0体现下调，>1体现上调2倍，<-1体现下调2倍。最简朴的较量大。褪荰reat-Control（看大于照旧小于0），或者Treat/Control（看大于照旧小于1），更有可读性的就是log2(Treat/Control)（>0体现上调，<0体现下调，>1体现上调2倍，<-1体现下调2倍）负相关、差异显著性pvalue值、foldchage、最低拷贝值。
